Si vuole infatti la gens Cornelia proprietaria di un fondo e produttrice di un vino rinomato già allora, tanto è vero che anfore vinarie con il nome di Cornelia sono state ritrovate a Pompei. la storia di Corniglia in epoca medievale è simile a quella degli altri borghi delle Cinque Terre. Il paese appartenne nell'ordine ai Fieschi, conti di Lavagna, in seguito ai signori di Carpena (antica podesteria nel golfo spezzino) e poi al vescovo di Luni. La prima citazione di Corniglia in un documento è del 1211.
Da documenti d'archivio si sa che esisteva un castello, del quale rimangono le tracce nelle mura del cimitero, occupato temporaneamente dai Pisani e restituito da costoro nel 1254. Il Papa Innocenzo IV, della famiglia dei Fieschi, che possedeva già dei territori nel golfo spezzino e mirava ad espandersi ulteriormente. Ma il Fieschi fu fermato dalla Repubblica di Genova, che già dal 1211 aveva ottenuto la sottomissione di Corniglia e di Vernazza. Così da allora Corniglia seguì le sorti della Repubblica di Genova. Documenti dell'archivio di stato di Genova riportano che nel 1556 la Repubblica deliberò la costruzione di una rocca e di una cerchia muraria per difendere il borgo più volte saccheggiato "dagli infedeli e dai pirati". Di tale rocca esistono i ruderi nella parte alta dell'abitato.