Il borgo di Manarola fu fondato intorno al XII secolo da popolazioni provenienti da Volastra ( il "vicus oleater" - paese degli olivi). Più probabile per Volastra appare però, l'origine dell'etimo ligure quali "Viassa" (Biassa); Vappa (Viapra); Strà ecc. Volastra del resto, fin dall'antichità, fu stazione di posta usata dai Romani per il cambio dei cavalli lungo l'alta via costiera anteriore alla via Aurelia (109 a.C.). Dalle colline soprastanti quindi gruppi di contadini scesero verso il mare dando origine a questo nuovo insediamento costiero.
Manarola fu feudo dei Marchesi di Carpena, passò poi ai potenti signori Fieschi, originari di Lavagna, ceduta loro dal Vescovo di Luni nel 1252. Il paese viene citato per la prima volta in un documento del 1266. Manarola diede i natali a Linibaldo Fieschi, Papa Innocenzo IV (1243-1254), colui il quale scomunicò Federico II e indisse la settima crociata. Il paese subì molte incursioni saracene. Esisteva un castello a difesa del paese e dei suoi abitanti, fatto costruire dai Fieschi sulla scogliera a picco sul mare e di cui oggi rimane soltanto un bastione inglobato in un'abitazione. Nel 1273 il paese e il castello vennero attaccati da galee genovesi e messi a ferro e fuoco. Nel 1276 sconfitti i Fieschi, Manarola passò alla repubblica di Genova che da allora ne seguì le vicende.